Внутрипородная изменчивость свиней крупной белой породы на основе полиморфизма микросателлитов ДНК

Abstract

В работе приведены результаты анализа генетического разнообразия и структуры четырех популяций свиней крупной белой породы, разводимых в различных племенных хозяйствах Украины, с использованием 12 локусов микросателлитов ДНК (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, SW0101, SW936, SW911 и S0228). При анализе внутри - и межгрупповой изменчивости было идентифицировано 158 аллелей 12 использованных локусов. Абсолютное число аллелей (Na) иэффективное число аллелей (Ae) варьировало от 6,25 (Na) и 3,40 (Ae) до 10,25 (Na) и 5,63 (Ae) аллелейна локус. Результаты проверки на равновесие Харди-Вайнберга свидетельствуют о том, что для всех полиморфных локусов имеет место отклонение от равновесного состояния (p < 0,05) минимум в одной из популяций. Результаты анализа молекулярной вариансы (AMOVA) показывают, что 12,2% общей генотипической изменчивости определяется различиями междупопуляциями. Коэффициент фиксации Райта (Fst) для различных локусов варьировал от 0,037 (SW72) до 0,581 (SW911), со средним значением - 0,148 ± 0,049. Средние оценки Fis и Fit для всех использованных локусов составляют 0,163 ± 0,026 и 0,287 ± 0,047, соответственно. Положительное значение Fis для всех локусов в исследованных популяциях, вероятно, отражает подразделенность общей популяции на субпопуляции вследствие повышения инбредности в малочисленных группах особей.

The genetic diversity and structure of four populations of LargeWhite breed pigs grown in various breeding farmsin Ukraine, using 12 microsatelliteDNA loci (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, SW0101, SW936, SW911 and S0228) were studied. When analyzing intra- and inter-group variability, 158 alleles of the 12 analyzed loci were identified. The total number (Na) and effective number (Ae) of alleles varied from 6.25 (Na) and 3.40 (Ae) to 10.25 (Na) and 5.63 (Ae) alleles per locus. TheHardy-Weinberg equilibrium test (HWE) showed that all of the polymorphic loci deviated from HWE (p < 0.05) in at least one population. The Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed that 12.2% of the total genotypic variation was due to differences between populations. Wright’s fixation index (Fst) per locus varied from 0.037 (SW72) to 0.581 (SW911), with amean value of 0.148 ± 0.049. The mean Fis and Fit valuesfor all loci were 0.163 ± 0.026 and 0.287 ± 0.047, respectively. The positive Fis value for all loci in the studied populations probably reflectsthe division of the general population in subpopulations due to the inbreeding accumulated in small groups of individuals.